Officiellement né à Paris le 21 novembre 1694, il est fils d'un bourgeois, François Arouet. C'est faux, dit-il : il est né le 20 février à Châtenay-Malabry. Son père est Claude de Rochebrune,"issu d'une ancienne et noble famille de Haute-Auvergne".
Sa mère meurt de fièvre puerpérale 7 jours après l'avoir mis au monde. Il appellera "maman" sa tutrice et maîtresse, madame de Warens. Avec une servante illettrée, sa compagne puis sa femme, il eut cinq enfants qu'il abandonna aux Enfants-Trouvés.
Il perdit à 7 ans sa mère adorée ("Je voulais la couvrir de baisers et qu'il n'y eût pas de vêtements. J'abhorrais mon père quand il venait interrompre nos baisers"). Seul son grand-père, Henri Gagnon, médecin à Grenoble, saura atténuer son chagrin.
Sa mère avait eu un autre fils, Henry, d'une liaison avec le propriétaire du château de Saché, où il séjourna souvent. Quant à lui, il épouse, en 1850, cinq mois avant de mourir, sa maîtresse polonaise, après une liaison de 18 années.
Son grand-père était le marquis Davy de la Pailleterie, propriétaire à Saint-Domingue, qui avait épousé une esclave noire. Son père était le général Davy de la Pailleterie, qui participa à la campagne d'Égypte, et sa mère la fille d'un hôtelier.
À sa naissance, sa mère a 27 ans et son père 62. Il a 5 ans à la mort de ce dernier. Il vit alors avec sa mère une courte période de "tendresses perpétuelles", rompue par le remariage de celle-ci avec le sévère général Aupick, qu'il va détester.
Son père menuisier, sa mère rempailleuse de chaises à Orléans vivent dans une austère et digne pauvreté : "J'ai vu toute mon enfance rempailler des chaises exactement du même esprit et du même cœur que ce même peuple avait taillé ses cathédrales".
C'est seulement quatre mois après sa naissance que sa mère, Angelica de Kostrowitzky, fille d'un noble polonais camérier du pape, reconnut ce fils naturel non désiré, dont le père est probablement un noble italien, Francesco Flugi d'Aspermont.
Orphelin de père à 20 mois, il fut élevé par sa mère, catholique austère et autoritaire. Cette relation a inspiré son roman "Genitrix". Marié, père de 4 enfants, il n'a jamais reconnu la tendance homosexuelle, peut-être platonique, qui marque son œuvre.
Il naît de la liaison adultère d'une femme de 24 ans, Marguerite Toucas, avec son amant, Louis Andrieux, ex-préfet de police, âgé de 57 ans. Il est présenté comme un orphelin, né à Madrid et adopté par Claire Toucas (sa grand-mère en réalité).
Fils unique, orphelin de père à 15 mois, il passe son enfance avec sa mère chez ses grands-parents,"entre un vieillard et deux femmes" qui l'adorent. Il est fasciné par la bibliothèque de son grand-père, Charles Schweitzer, un cousin du célèbre docteur.
Il a livré des informations variées sur sa naissance, son identité. En fait, il est né le 8 mai 1914 dans l'empire russe, à Vilna (aujourd'hui Vilnius). Sa mère, divorcée, lui voua un amour absolu dont il témoigne dans "La Promesse de l'aube".